Generalmente non serve creare nuovi menù, ma nel caso fosse necessario, sempre nel solito functions.php o in un file da lui richiamato scriveremo

add_action( 'after_setup_theme', 'theme_setup' );
function theme_setup(){
    register_nav_menus(
	   array( 'main-menu' => __( 'Main Menu', 'my_website' ) )
	);
}

Poi nel file header.php piuttosto che dove vorremo stampare il nostro menu, scriveremo:

wp_nav_menu( array( 'theme_location' => 'main-menu' ) );